Va un dibujo por si no me entendiste:
Debes medir a la salida del trafo luego del diodo (en rojo) si hay voltage correcto, dijiste que en ciertos lugares había 0v, ahora debes levantar esos sectores así como está en el dibujo y medir si ahora hay voltage, si hay es signo de que hay un corto en alguna de las placas que reciben alimentación del trafo. Ahora bien si no hay nada debes revisar el diodo rectificador o sino ya concentrarte en el circuito primario de la fuente.
Disculpa por la mala calidad del dibujo, lo hice rápido y no tenía un buen programa editor en mano.
La cosa es diferente si la fuente usa optoacoplador ya que si levantas alguna línea quizá no te marque nada en la medición porque no hay realimentación.