problema con softwares de msdos motorolay kenwood

tengo un pequeño problema con mis programas de motorola y kenwood que corren en msdos elproblema es el sig:
1.-alos programas le pongo que se ejecuten en msdos
2.- se cierra windows y se ejecuta el programa
3.- cuabdo le doy para que lea los radios se queda el programa buscando el puerto serial y se congela el programa al no encontrarlo
4.- le cambio al puerto 2 y sucede lo mismo
5.- si reinicio la maquina y le doy f8 y que me de solo simbolo de sistema los programas funcionan a la perfeccion
6.- si le doy que reinicie a msdos desde windows me sucede lo mismo que los primero puntos no me lee los equipos
Esto me paso con una maquina nueva que compre con procesador pentium 3 que tenia instalado win 98
porque se me daño mi mother board al no poder jalar los programas mi simpatiquisimo amigo de sistemasme dijo que nopodiahacernada y etirosu maquina (osea perdio la venta) otro amigo me dio una mother igualita a la que se me daño que es una celeron y segun yo no debia de tener ningun problema ya que era exactamente igual ala que se me daño le instale el disco duro co todos mis programas y me empezo a dar este problema yo dije bueno hay algun problema con win98 al hacer cambio de mother formatee el disco le volvi a instalar win98 segunda edicion reinstale programasy me sucede exactamente lo mismo de que si ejecuto el programa desde windows al reiniciarseen msdos no me encuentra los puertos
Lo mas raro es que ya me sucedio con la maquina nueva y con esta mother de medio uso que me dieron y antes de que se dañara la mother antigua no tenia ningun problema con los programas de msdos
los programas de windows funcionan correctamante el problema es como les menciono con los de msdos

ojala alquien me pueda dar alguna pista de que es lo que me esta pasando ya que no tengo maquina por el momento para programar
gracias por su tiempo

hola: mira eso es comun que pase, la solucion mas rapida y segura, crea un diskete de arranque desde win98, y reinicia la maquina con el disquette puesto para que arranque desde el mismo. y asi puedes corres todos los programas para msdos. es un poco mas tardado pero funciona siempre.

atte. frankzizco