Independientemente del sistema operativo que tengas , lo que realmente controla el servidor sobre los clientes, es la conexion y desconexion, y el tiempo que esten conectados, eso lo hace el software de gestion que tu quieras poner, lo unico que tienes que hacer es poner todos los ordenadores en red, e instalarle el programa de gestion de cyber. Esto en cuanto al control de conexion y desconexion de los clientes a internet, ahora bien, a parte de esto , te recomiendo que desde un principio gestiones bien la seguridad de todos los equipos, para evitar futuros problemas, con el windows 98 no podras controlar gran cosa, ya que es un sistema operativo bastante limitado en cuanto a la seguridad y el control desde otra maquina, con esto no quiero decirte que no lo uses, pero yo pondria desde un principio windows xp en todas las maquinas, el windows 2000 tambien serviria pero tendras posibles incopatibilidades con ciertos juegos. Con el xp podras impedir el acesso a ciertos programas, herramientas de registro, y panel de control etc. Trata de instalar si puedes algun sistema para evitar instalaciones y desconfiguraciones, como alguna tarjeta guardian , o algun software como el deep freezer, te evitara muchos problemas.
Saludos.