Básicamente el problema es que en cualquier reproductor que use HTML5 (casi todos en la actualidad) el audio y el vídeo van disparejos, empieza con solo un poquito de desparejamiento, pero se va agrandando a medida que avanza el vídeo. En reproductores flash no pasa eso y los vídeos remotos, osea de la compu, también van normalmente.
Formatear la PC o cambiar de sistema operativo no funciona.